مایکوباکتریوم اویوم زیرگونه پاراتوبرکلوزیس عامل ایجاد بیماری یون در گاو و سایر نشخوارکنندگان است. این بیماری از جنبه شیوع از گسترده‌ترین و از لحاظ اهمیت اقتصادی از مهمترین بیماری‌ها در صنعت دامپروری محسوب می‌شود. تشخیص سریع و دقیق بیماری اهمیت بسیار زیادی در پیشگیری از شیوع آن در گله دارد. در تحقیق حاضر میزان فراوانی موارد عفونت با مایکوباکتریوم اویوم زیرگونه پاراتوبرکلوزیس در گاوهای کشتار شده در کشتارگاه اهواز با سه روش PCR مخاط رکتوم، رنگ‌آمیزی ذیل- نلسون مخاط رکتوم و الایزای سرم خون مورد ارزیابی و مقایسه قرار گرفت. برای این منظور نمونه‌های خون و مخاط رکتوم از تعداد 200 رأس گاو جمع‌آوری گردید. الایزای سرم با استفاده از کیت‌های تجاری، رنگ‌آمیزی ذیل- نلسون به روش متداول و PCR با استفاده از توالی‌های نوکلئوتیدی مربوط به قطعات ژنی اختصاصی (IS900 و hspX) مایکوباکتریوم اویوم زیرگونه پاراتوبرکلوزیس انجام پذیرفت. آزمون PCR مخاط رکتوم، 27 نمونه (شیوع 5/13 درصد)، رنگ‌آمیزی ذیل- نلسون مخاط رکتوم 8 نمونه (شیوع 4 درصد) و آزمون الایزای سرم تنها 6 نمونه (شیوع 3 درصد) را آلوده به مایکوباکتریوم اویوم زیرگونه پاراتوبرکلوزیس تشخیص دادند. مقایسه نتایج این سه آزمون حاکی از میزان توافق متوسط (آماره کاپا: 42/0) بین نتایج آزمون‌های PCR رکتوم و رنگ‌آمیزی ذیل- نلسون و میزان توافق ضعیف بین آزمون‌های الایزا و PCR رکتوم (آماره کاپا: 08/0) و نیز بین آزمون‌های الایزا و رنگ‌آمیزی ذیل- نلسون (آماره کاپا: 11/0) بود. بر اساس نتایج تحقیق حاضر، جهت تشخیص سریع دام‌های آلوده به مایکوباکتریوم اویوم زیرگونه پاراتوبرکلوزیس، اگر چه که آزمون PCR مخاط رکتوم در مقایسه با سایر آزمون‌ها با نتایج بهتری همراه بود اما جهت دستیابی به نتایج دقیق‌تر در تشخیص سریع دام‌های آلوده و نیز در مطالعات اپیدمیولوژیکی به منظور تعیین میزان فراوانی موارد عفونت با مایکوباکتریوم اویوم زیرگونه پاراتوبرکلوزیس، انجام هم‌زمان آزمون‌های PCR مخاط رکتوم و الایزای سرم توصیه می‌گردد.