نشریه دامپزشکی ایران

نشریه دامپزشکی ایران

شناسایی و بررسی فیلوژنتیک یک cDNA کدکننده پروتئین کالومنین حاوی دامنه EF-hand در Strongyloides ratti

مقالات آماده انتشار

نوع مقاله : مقاله پژوهشی

نویسنده
عباس جلودار
دانشیار گروه علوم پایه، دانشکده دامپزشکی، دانشگاه شهید چمران اهواز، اهواز، ایران
10.22055/ivj.2025.536829.2823
چکیده
Strongyloides ratti به عنوان یک مدل تجربی برای تشخیص استرونژیلوئیداز در انسان عمل می‌کند. در این مطالعه پروتئین ترشحی کالومنین حاوی دامنه EF-hand از رت که به عنوان یک مولکول سیگنالینگ کلسیم عمل می‌کند، توالی یابی و شناسایی گردید. یک قطعه ژن به طول 848 نوکلئوتید با RT-PCR افزوده سازی شد. در جستجوی بانک ژن نشان داده شد که این محصول 54/98 درصد با یک توالی mRNA ناکامل از Strongyloides ratti مشابهت داشت. با استفاده از این قطعه ژن به عنوان جستجوگر، پایگاه داده ژنی Expressed Sequence Tags (EST) مورد جستجو قرار گرفت که متعاقب آن، یک قطعه ژن 998 نوکلئوتیدی از طریق مناطق همپوشان شناسایی شد که SrCAL نامگذاری گردید. این ژن یک پروتئین شامل ۳۱۴ اسید آمینه را کد می­کند که وزن مولکولی آن 74/36 کیلو دالتون و نقطه ایزوالکتریک (pI) آن 61/4 است. این پروتئین حاوی یک پپتید سیگنال با محل برش بین اسیدهای آمینه ۲۱-۲۲ می­باشد. جستجوی در پایگاه داده­های ژنی نشان داد که این پروتئین دارای پنج دامنه EF-hand (cd16226) به منظور اتصال به کلسیم است که بسیار حفاظت شده می­ باشند. نتایج نشان داد که SrCAL بر اساس تشابه اسید آمینه­ های بین ۲۹ تا ۲۹۶ در ابرخانواده پروتئین‌های Efh_CREC_Calumenin طبقه‌بندی می­شود. پیش‌بینی ساختار ثانویه پروتئینی نشان داد که SrCAL از 18/39 درصد مارپیچ آلفا، 18/21 درصد رشته­های بتا و 61/42 درصد لوپ تشکیل شده است. مدل‌سازی ساختار سه‌بعدی که با استفاده از ۲۳۲ اسید آمینه که ۷۴ درصد از کل توالی ناحیه کدگذاری شده را شامل می­شود، نشان داد که این پروتئین با 8/۹۹ درصد اطمینان مشابهت با ساختار کریستالی یک پروتئین حاوی دامنه EF-hand از Danio rerio می­باشد. بررسی فیلوژنتیک SrCAL کم­ترین فاصله ژنتیکی (19/0 درصد) را با تنها توالی پروتئینی موجود جدا شده از S. ratti (XP_024499492.1) دارد. SrCAL می­تواند نقش مهمی در سیگنالینگ کلسیم ایفا ‌کند که ممکن است به عنوان یک ژن خانه‌دار با پتانسیل قوی به عنوان یک هدف دارویی اختصاصی نماتودی عمل کند.
کلیدواژه‌ها
نماتود
دامنه EF-hand
Strongyloides ratti
RT-PCR
کالومنین
موضوعات
نشریه دامپزشکی ایران

مقالات آماده انتشار، اصلاح شده برای چاپ
انتشار آنلاین از 07 شهریور 1405