تشخیص و تفسیر آسان، کم هزینه و دقیق ویروس نیوکاسل و تفریق سویه حاد از غیرحاد با روش RT-ARMS PCR آشیانه ای

نوع مقاله : مقاله پژوهشی

نویسندگان

1 دانش آموخته دکترای عمومی، دانشکده‌ی دامپزشکی، دانشگاه شهرکرد، شهرکرد، ایران

2 استاد گروه علوم درمانگاهی، دانشکده دامپزشکی، دانشگاه شهرکرد، شهرکرد، ایران

3 استادیار گروه ژنتیک، دانشکده علوم پایه، دانشگاه شهرکرد و پژوهشکده زیست فناوری، دانشگاه شهرکرد، شهرکرد، ایران

چکیده

    بیماری نیوکاسل، یک بیماری ویروسی ماکیان است که توسط پارامیکسوویروس تیپ 1 از جنس Avulavirus است ایجاد می­شود  و تشخیص سریع و دقیق آن از اهمیت بالایی برخوردار است.  حدت این ویروس به پروتئین اتصالی (F)، یکی از شش پروتئین این ویروس، بستگی دارد که می­تواند ابرای تشخیص حدت سویه­های آن استفاده شود.  بنابراین، این مطالعه بنا دارد با توجه به پیشرفت­های علم بیوانفورماتیک، روشی پیشنهاد نماید که برای شناسایی ارزان و آسان ویروس نیوکاسل و تفریق سویه­های حاد و غیرحاد آن مورد استفاده قرار گیرد.  ابتدا توالی کلیه­ی سویه­های در دسترس ویروس نیوکاسل از بانک اطلاعاتی NCBI به روش همترازی (BLAST) جمع­آوری و پس از همردیف­سازی، پرایمرهای عمومی و اختصاصی سویه­ها طراحی شدند.  در مرحله­ی بعد تأیید ویروس نیوکاسل با روش PCR و پرایمرهای عمومی روی cDNA نمونه­ی کنترل مثبت بهینه­سازی شد.  سپس تفریق سویه­ی غیرحاد از حاد با روش ARMS-PCR (سیستم بازتاب تکثیری جهش) با دو پرایمر فوروارد اختصاصی بهینه­سازی شد.  از آن جایی که روش مورد استفاده در این مطالعه نوعی ARMS-PCR است که بر روی cDNA حاصل از واکنش RT انجام گرفته است و همچنین به علت آن که به منظور افزایش ویژگی از محصول PCR اول به عنوان الگو برای واکنش PCR آشیانه­ای استفاده شده است "RT-ARMS-PCR آشیانه­ای" نام­گذاری شده است.  سپس تعدادی از نمونه­های جمع­آوری شده از مزارع پروش مرغ گوشتی با این روش و همچنین Real-Time PCR به عنوان تست استاندارد طلایی آزمایش شدند.  نتایج نشان داد که حساسیت و ویژگی تشخیص ویروس و سویه­ی آن در هردو روش با هم مطابقت کامل داشتند.  در مجموع این روش در مقایسه با روش Real-Time PCR با صرف زمانی اندکی بیش­تر ولی هزینه، تجهیزات و پیچیدگی بسیار کم­تر به عنوان جایگزین مناسبی برای روش Real-Time PCR برای تشخیص ویروس نیوکاسل و تفریق سویه­های حاد از غیرحاد پیشنهاد می­گردد.

کلیدواژه‌ها


Alexander, D.J. (2003). Newcastle disease. In: Disease of poultry (1st ed). Iowashate university press. Iowa, Pp: 64-87.
Alexander, D.J., & Senne D.A. (2008). Newcastle disease,other Avain paramyxoviruses, and pneumovirus infection (12th ed., pp:75-115). Blackwell, Ames, Iowa.
Baratchi, S., Ghorashi, S.A., Hosseini, M., & Pourbakhsh S.A. (2003). Differentiation of virulent and non-virulent Newcastle disease virus isolates using RT-PCR. Iranian Journal of Biotechnology, 4(1), 61-63.
Fuller, C.M., Collins, M.S., Easton, A.J., & Alexander, D.J. (2007). Partial characterization of five cloned viruses differing in pathogenicity, obtained from a single isolate of pigeon paramyxovirus type1 (PPMV-1) following passage in fowls eggs. Archives of Virology, 152(8), 1575-82.
Pham, H.M., Konnai, S., Usui, T., Chang, K.S., Murata, S. Mase, M., Ohashi, K., & Onuma, M. (2005). Rapid detection and differentiation of Newcastle disease virus by Real-Time PCR with melting curve analysis. Archives of Virology, 150(12), 2429-2438.
Kant, A., Koch, G., Van Roozelaar, D.J., Balk F., & Ter Huurne, A. (1997). Differentiation of virulent and non‐virulent strains of Newcastle disease virus within 24 hours by polymerase chain reaction, Avian Pathology, 26(4), 837-849.
Kianizadeh, M., Aini, I., Omar, A.R., Yusoff, K., & Sahrabadi, M. (2002). Sequence and phylogenetic analysis of the fusion protein cleavage site of Newcastle disease virus field isolates from Iran, Acta virologica, 46(4), 247-51.
Kovics, S., & Horvath, J. (2000). Newcastle disease virus (NDV): brief history of its oncolytic strains, Journal of Clinical Virology, 16(1), 1-15.
Mase, M., Imai, K., Sanada, Y., Sanada, N., Yuasa, N., Imada, T., Tsukamoto, K., & Yamaguchi, S. (2002). Phylogenetic analysis of Newcastle Disease Virus Genotypes Isolated in Japan, Journal of Clinical Virology, 40(10), 3826–3830.
Wise, M.G., Suarez, D.L., Seal, B.S., Pedersen, J.C., Senne, D.A., King, D.J., Kapczynski, D.R., & Spackman, E. (2003). Development of a Real-Time Reverse Transcription PCR for Detection of Newcastle disease virus RNA in clinical Samples, Journal of Clinical Microbiology, 42(1), 329-38.
Naghavi, M. R., Gharehyazi, B., & Hosseini-Salcadeh, G.H. (2013). Molecular Markers (4th ed). Tehran University press. Iran, Pp:160.
Newton, C.R., Graham, A., Heptinstall, L.E., Powell, S.J., Summers, C., Kalsheker, N., Smith, J.C., & Markham, A.F. (1989). Analysis of any point mutation in DNA. The amplification refractory mutation system (ARMS). Nucleic Acids Res, 17(7), 2503–2516.
Office International des Epizooties. (2001). Newcastle disease. Manual of standards for diagnostic tests and vaccines (4th ed), Paris: OLG.
Snoeck, C.J., Owoade, A.A., Hymann, E.C., Alkali, B.R., Okwen, M.P., Adeyanju, A.T.,  Komoyo, G.F., Nakouné, E., Le Faou, A., & Muller, C.P. (2013). High genetic diversity of Newcastle disease virus in poultry in west and central Africa: Cocirculation of genotype XIV and newly definded genotypes XVII and XVIII. Journal of Clinical Microbiology, 51(7), 2250-60.
Swayne, D.E., Glisson, J.R., & Jackwood, M.W. (1998). A laboratory manual for the isolation and identification of avian pathogens (4th ed). Pennsylvania, Pennsylvania University Press, US. Pp:1563-1630.
Vahidi, V., Zolfaghari, M., Ahmadi, A., shojapour, M., Moaddab, S.R., & Arjomandzadegan, M. (2014). Detecion of opioxacin resistance by rapid Molecular Method of Allele Specific PCR in Mycobacterium tuberculosis. Biological Journal of Microorganisms, 3(9), 21-34.
Veronique, J., & Jestin, A. (1990). Detection of Newcastle disease virus RNA in infected allantoic fluids by in vitro enzymatic amplification (PCR), Archives Virology, 118,151-161.