تشخیص و تفسیر آسان، کم هزینه و دقیق ویروس نیوکاسل و تفریق سویه حاد از غیرحاد با روش RT-ARMS PCR آشیانه ای

نوع مقاله : مقاله پژوهشی

نویسندگان

1 دانش آموخته دکترای عمومی، دانشکده‌ی دامپزشکی، دانشگاه شهرکرد، شهرکرد، ایران

2 استاد گروه علوم درمانگاهی، دانشکده دامپزشکی، دانشگاه شهرکرد، شهرکرد، ایران

3 استادیار گروه ژنتیک، دانشکده علوم پایه، دانشگاه شهرکرد و پژوهشکده زیست فناوری، دانشگاه شهرکرد، شهرکرد، ایران

10.22055/ivj.2019.185474.2135

چکیده

    بیماری نیوکاسل، یک بیماری ویروسی ماکیان است که توسط پارامیکسوویروس تیپ 1 از جنس Avulavirus است ایجاد می­شود  و تشخیص سریع و دقیق آن از اهمیت بالایی برخوردار است.  حدت این ویروس به پروتئین اتصالی (F)، یکی از شش پروتئین این ویروس، بستگی دارد که می­تواند ابرای تشخیص حدت سویه­های آن استفاده شود.  بنابراین، این مطالعه بنا دارد با توجه به پیشرفت­های علم بیوانفورماتیک، روشی پیشنهاد نماید که برای شناسایی ارزان و آسان ویروس نیوکاسل و تفریق سویه­های حاد و غیرحاد آن مورد استفاده قرار گیرد.  ابتدا توالی کلیه­ی سویه­های در دسترس ویروس نیوکاسل از بانک اطلاعاتی NCBI به روش همترازی (BLAST) جمع­آوری و پس از همردیف­سازی، پرایمرهای عمومی و اختصاصی سویه­ها طراحی شدند.  در مرحله­ی بعد تأیید ویروس نیوکاسل با روش PCR و پرایمرهای عمومی روی cDNA نمونه­ی کنترل مثبت بهینه­سازی شد.  سپس تفریق سویه­ی غیرحاد از حاد با روش ARMS-PCR (سیستم بازتاب تکثیری جهش) با دو پرایمر فوروارد اختصاصی بهینه­سازی شد.  از آن جایی که روش مورد استفاده در این مطالعه نوعی ARMS-PCR است که بر روی cDNA حاصل از واکنش RT انجام گرفته است و همچنین به علت آن که به منظور افزایش ویژگی از محصول PCR اول به عنوان الگو برای واکنش PCR آشیانه­ای استفاده شده است "RT-ARMS-PCR آشیانه­ای" نام­گذاری شده است.  سپس تعدادی از نمونه­های جمع­آوری شده از مزارع پروش مرغ گوشتی با این روش و همچنین Real-Time PCR به عنوان تست استاندارد طلایی آزمایش شدند.  نتایج نشان داد که حساسیت و ویژگی تشخیص ویروس و سویه­ی آن در هردو روش با هم مطابقت کامل داشتند.  در مجموع این روش در مقایسه با روش Real-Time PCR با صرف زمانی اندکی بیش­تر ولی هزینه، تجهیزات و پیچیدگی بسیار کم­تر به عنوان جایگزین مناسبی برای روش Real-Time PCR برای تشخیص ویروس نیوکاسل و تفریق سویه­های حاد از غیرحاد پیشنهاد می­گردد.

کلیدواژه‌ها