@article { author = {Mohammadi-Dastenaei, Maryam and Zamani Moghaddam, Abdolkarim and Shakhsi-Niaei, Mostafa}, title = {Easy, low cost, and precise Identification and interpretation of Newcastle virus and differentiation of its velogenic from lentogenic strains by using the nested RT-ARMS PCR}, journal = {Iranian Veterinary Journal}, volume = {16}, number = {4}, pages = {74-83}, year = {2021}, publisher = {Shahid Chamran University of Ahvaz}, issn = {1735-6873}, eissn = {2676-704X}, doi = {10.22055/ivj.2019.185474.2135}, abstract = {    Newcastle disease is a viral disease of poultry that is caused by type 1 paramyxovirus, from the Avulavirus genus and its fast and precise diagnosis is of high importance. Virulence of this virus depends on Fusion protein (F), one of six proteins of this virus, which can be used for detection of the virus virulence. So, this study aims to design new primers according to bioinformatics science progression and suggest a cheaper and easier method for the identification of Newcastle virus (NDV) as well as distinguish lentogenic from velogenic strains with higher sensitivity and specificity. First, all available strains of Newcastle viruses were collected from NCBI data bank using Blast tool and after multiple alignments, universal and specific primers were designed. In the next step, identification of NDV was set up using universal primers by PCR on cDNA of the control positive sample. Then differentiation of lentogenic from velogenic strains set up by ARMS (Amplification Refractory mutation system)-PCR (Polymerase chain reaction) using specific primers. Because the method was performed on cDNA obtained from reverse transcription reaction (RT), and because the PCR product of the first PCR reaction was used as a template for nested second PCR reaction it is called “nested RT-ARMS PCR”. Afterward, some samples from broiler farms were tested by this method and then compared by Real-Time PCR as a golden standard test. The results showed that sensitivity and specificity of identification of the virus and its strains were fully compatible in both methods. To sum up, this method which consumes a little bit more time but lower expenses, equipment and complexity in comparison with Real-Time PCR, can be suggested as a suitable substitution for the detection of NDV and distinguishing its velogenic from lentogenic strains.}, keywords = {Newcastle,F protein,Velogenic,Lentogenic,Nested RT-ARMS PCR}, title_fa = {تشخیص و تفسیر آسان، کم هزینه و دقیق ویروس نیوکاسل و تفریق سویه حاد از غیرحاد با روش RT-ARMS PCR آشیانه ای}, abstract_fa = {    بیماری نیوکاسل، یک بیماری ویروسی ماکیان است که توسط پارامیکسوویروس تیپ 1 از جنس Avulavirus است ایجاد می­شود  و تشخیص سریع و دقیق آن از اهمیت بالایی برخوردار است.  حدت این ویروس به پروتئین اتصالی (F)، یکی از شش پروتئین این ویروس، بستگی دارد که می­تواند ابرای تشخیص حدت سویه­های آن استفاده شود.  بنابراین، این مطالعه بنا دارد با توجه به پیشرفت­های علم بیوانفورماتیک، روشی پیشنهاد نماید که برای شناسایی ارزان و آسان ویروس نیوکاسل و تفریق سویه­های حاد و غیرحاد آن مورد استفاده قرار گیرد.  ابتدا توالی کلیه­ی سویه­های در دسترس ویروس نیوکاسل از بانک اطلاعاتی NCBI به روش همترازی (BLAST) جمع­آوری و پس از همردیف­سازی، پرایمرهای عمومی و اختصاصی سویه­ها طراحی شدند.  در مرحله­ی بعد تأیید ویروس نیوکاسل با روش PCR و پرایمرهای عمومی روی cDNA نمونه­ی کنترل مثبت بهینه­سازی شد.  سپس تفریق سویه­ی غیرحاد از حاد با روش ARMS-PCR (سیستم بازتاب تکثیری جهش) با دو پرایمر فوروارد اختصاصی بهینه­سازی شد.  از آن جایی که روش مورد استفاده در این مطالعه نوعی ARMS-PCR است که بر روی cDNA حاصل از واکنش RT انجام گرفته است و همچنین به علت آن که به منظور افزایش ویژگی از محصول PCR اول به عنوان الگو برای واکنش PCR آشیانه­ای استفاده شده است "RT-ARMS-PCR آشیانه­ای" نام­گذاری شده است.  سپس تعدادی از نمونه­های جمع­آوری شده از مزارع پروش مرغ گوشتی با این روش و همچنین Real-Time PCR به عنوان تست استاندارد طلایی آزمایش شدند.  نتایج نشان داد که حساسیت و ویژگی تشخیص ویروس و سویه­ی آن در هردو روش با هم مطابقت کامل داشتند.  در مجموع این روش در مقایسه با روش Real-Time PCR با صرف زمانی اندکی بیش­تر ولی هزینه، تجهیزات و پیچیدگی بسیار کم­تر به عنوان جایگزین مناسبی برای روش Real-Time PCR برای تشخیص ویروس نیوکاسل و تفریق سویه­های حاد از غیرحاد پیشنهاد می­گردد.}, keywords_fa = {نیوکاسل,پروتئین F,غیرحاد,حاد,روشRT-ARMS-PCR آشیانه ای}, url = {https://www.ivj.ir/article_128901.html}, eprint = {https://www.ivj.ir/article_128901_e9a0cf9cea4198e466ee71b5354a470f.pdf} }